Supõe-se que as origens do Habbo sejam o Mobiles Disco, um projeto hobby criado pelo designer criativo Sampo Karjalainen e pelo tecnólogo Aapo Kyrölä para uma banda finlandesa, uma sala de conversa virtual funcionando com a tecnologia criada por Aapo, Aapo's Fuse. Após serem contratados para criar um jogo virtual com chat chamado Lumisota (Snow Wars) para uma ISP finlandês, Elisa, eles foram contratados para outro projeto. Eles desenvolveram Hotelli Kultakala (eng. Hotel Goldfish) com uma pequena equipe de desenvolvedores e ele foi lançado em agosto de 2000 na página do ISP.

Aapo, Sampo e Dee Edwards, um empreiteiro do Reino Unido, quiseram criar um negócio internacional baseado no conceito de hotel virtual.Então levantaram financiamento e começaram a trabalhar no plano em Outubro de 2000. No final de janeiro de 2001, o Habbo Hotel foi lançado em modo beta. O novo hotel foi lançado oficialmente algumas semanas depois, voltado para o mercado adolescente, já com sistema de pagamento e vendas, funcionando em um HQ em Londres. Ele tinha um novo sistema de créditos e comunidade e recursos segurança. O próximo hotel foi lançado na Suíça alguns meses depois, em quatro línguas. Desde então se expandiu para 31 países em 5 continentes, incluindo Hotelli Kultakala na Finlândia, que foi feito dentro de um Habbo Hotel e foi investido por capitalistas de risco.

Ao longo dos anos, o Habbo mudou seu visual e sua aparência como site, tendo a última ocorrida em julho de 2009.

Em agosto de 2007, a comunidade chinesa do Habbo foi fechada temporariamente, sendo esta a primeira vez que um site Habbo foi fechado. O mercado chinês desafiador e os elevados custos operacionais levaram à decisão de fechar o serviço. Clientes na China foram redirecionados para outras comunidades Habbo. Em dezembro de 2008, a comunidade Habbo da Rússia anunciou que iria fechar em fevereiro de 2009 como resultado de baixos números. Aqueles no site com "mobis" (mobília virtual que pode ser utilizada para mobiliar os quartos do hotel, que são compradas com o uso de Habbo Moedas ou Moedas, que podem ser trocadas por dinheiro real dado a Sulake) foram informados de que eles deverão receber códigos de crédito para uso na comunidade Habbo dos E.U.A..

No final de maio de 2009, foi aberta uma nova versão do Habbo para alguns Habbos testarem antes de ser usada oficialmente. Na nova versão do Habbo, o cliente utiliza Flash em vez de Shockwave, e a interface do Hotel foi alterada.

Em Janeiro de 2010, foi anunciado que o Habbo E.U.A. e o do Canadá seriam fundidos, com término em abril de 2010